Asamblea General Asamblea General de representantes de organizaciones afiliadas. Es el máximo órgano de poder del IDC y se reúne cada 2 años para decidir las directrices generales de la organización y elegir a los representantes. Cada organización afiliada tiene un voto, sin importar el número de trabajadores portuarios representados. Sin embargo, en el caso de que se deba tomar una decisión, cada delegado tendrá un número de votos equivalente al número de trabajadores representados (fijando un máximo de 6.000), con el fin de evitar la hegemonía o la baja representación.
Comisiones Especiales Previstas para aquellos casos en los que sea necesario abordar temas de un modo exclusivo y específico.
Asamblea de Zona En cada una de las Zonas se celebran asambleas de delegados elegidos por las organizaciones que componen el IDC. Abordan la situación de sus puertos y trabajadores, y son las encargadas de elaborar y discutir los documentos que después pasan a órganos superiores como la Asamblea General o la Comisión Permanente. Eligen a los correspondientes Coordinadores de Zona que son ratificados en la Asamblea General.
Coordinadores de Zona El IDC se organiza geográficamente y hasta el momento se han creado las zonas de: Costa Este de Norteamérica y Canadá, Costa Oeste de EEUU y Pacífico Rim, Latinoamérica y Europa. Son los responsables de coordinar los conflictos regionales y la intervención del IDC en estos.
Coordinador General Es la representación del IDC y debe dirigirlo siguiendo las directrices y orientaciones decididas por la Asamblea General, quien, de hecho, es el órgano que lo elige.
Comisión Permanente La Comisión Permanente, se reúne cada 6 meses para coordinar la acción general del IDC. La forman los Coordinadores de Zona, junto al Coordinador General. Sirve como órgano intermedio entre el Coordinador General y las entidades afiliadas. Además, y para reforzar la voluntad representativa y democrática del IDC, cualquier cargo puede ser destituido, en cualquier momento, por el órgano que lo haya designado.